La Rochelle est une ville déjà gagnée à la Réforme dès la fin des années 1550.
Très vite, elle devient une « Genève française » autant qu’un quartier général pour les troupes huguenotes au moment des guerres de Religion. Henri y fait plusieurs séjours. C’est là que sa mère le fait reconnaître comme chef des huguenots après la mort de Louis de Condé à la bataille de Jarnac. C’est là aussi qu’il vient séjourner en 1586 lors de la guerre du Poitou puis en 1587-88, après la bataille de Coutras.