Le roi ne gouverne pas seul. Il s’adjoint un certain nombre de personnes qui siègent au Conseil du roi, également appelé Conseil d’État, Conseil des parties ou Conseil privé. Le roi est théoriquement libre de choisir ses membres. En réalité, la tradition fait qu’un certain nombre de personnes, tels les princes du sang, les pairs de France, les grands officiers de la couronne ou les cardinaux, revendiquent le droit d’y siéger.
Les circonstances du début du règne ne permettent pas à Henri IV de rationnaliser son organisation. Il faut attendre que la conquête du royaume et sa pacification soient presque acquises, c’est-à-dire entre 1594 et 1598, pour voir Henri IV réformer le Conseil et créer trois spécialisations qui seront conservées par la suite. La première est le Conseil des parties, chargé de régler les affaires entre particuliers. En 1594, est créé un Conseil des finances qui devient Conseil d’État et des finances en 1596. Ce dernier s’occupe de toutes les matières financières et des affaires que le conseil des parties lui renvoie. Enfin, les affaires les plus importantes et les plus secrètes sont traitées par le Conseil des affaires, dont la composition est entièrement dévolue au roi.