En septembre 1567, frustrés par les multiples violations de l’édit de pacification, les huguenots décident de reprendre l’initiative. Plusieurs centaines de gentilshommes menés par Louis de Condé tentent de s’emparer de la personne du jeune roi Charles IX qui séjournait alors en Brie. Cette « surprise de Meaux » échoue comme avait échoué la conjuration d’Amboise en 1560. Elle a pour conséquence de braquer le pouvoir royal qui décide de confier au connétable Anne de Montmorency la conduite de la deuxième guerre, qui se déroule pour l’essentiel au nord de la Loire. La seule bataille d’envergure a lieu à Saint-Denis le 10 novembre 1567. La victoire des troupes catholiques permet la levée du siège de Paris, mais le connétable de Montmorency y est tué. Fidèles à leur stratégie, les troupes huguenotes se saisissent de plusieurs villes : Tours, Blois, Orléans et Chartres tombent tour à tour. Les rigueurs de l’hiver, le manque de ressources et l’équilibre des forces contraignent les belligérants à engager des pourparlers de paix qui aboutissent à la signature de l’édit de Paris (improprement appelé édit de Longjumeau) le 23 mars 1568.