Le caractère restrictif de l’édit de Boulogne pousse des modérés des deux camps à s’unir derrière François d’Alençon, le plus jeune frère du roi, Henri de Navarre, Henri de Condé et Henri de Montmorency sous le vocable des « Malcontents » du roi. Ceux-ci, favorables à une tolérance civile de toutes les confessions, unissent leurs forces contre les catholiques intransigeants. Pour la première fois, l’appellation de « guerre de Religion » devient impropre puisque, lors de cette cinquième guerre, des catholiques et des protestants modérés sont unis contre d’autres catholiques. La mort de Charles IX et l’avènement d’ Henri III n’affaiblissent pas dans l’immédiat le camp royal puisque les catholiques menés par Henri de Guise remportent la seule bataille d’envergure (Dormans, en octobre 1575). La fin du conflit est plus favorable aux huguenots. La paix, dite « de Monsieur », du nom du frère du roi, est signée en mai 1576. Elle est confirmée par l’édit de Beaulieu, le plus libéral accordé aux protestants au cours des guerres civiles.