L'édit de Beaulieu est perçu comme une capitulation du roi pour les ultra-catholiques. Lors des états généraux organisés à Blois au cours de l’hiver 1576, les députés décident de revenir à une religion unique. Parallèlement, la période voit la renaissance de « ligues » associant des catholiques intransigeants qui n’acceptent pas les dispositions de l’édit de Beaulieu. La plus importante est formée en Picardie, à Péronne, autour de son gouverneur Jacques d’Humières. Si la forme n’est pas nouvelle, le fond l’est plus puisqu’il ne s’agit plus seulement de lutter contre la propagation de l’hérésie, mais aussi de contester la paix imposée par le roi. Ce dernier tente alors de contrôler le mouvement en se plaçant à sa tête et en reprenant les hostilités. Cette sixième guerre débute avec la prise de La Charité-sur-Loire par les troupes royales le 1er mai 1577. Elle se poursuit par une série de sièges, la plupart remportés par les troupes royales (Issoire, Brouage etc.). Les difficultés financières des deux camps les poussent vite à négocier. L’édit de Poitiers, amendé et complété par le traité de Nérac (février 1579), clôt les hostilités.