Soumis à une pression constante des Guise et de leurs alliés, Henri III cède et promulgue, le 7 juillet 1585, le traité de Nemours. Ce traité détruit l’édifice de la paix patiemment bâti par les édits de pacification et renie la politique de tolérance civile. L’exercice de la religion prétendue réformée est interdit et ses fidèles doivent abjurer ou s’exiler dans les six mois. Cette réaction catholique fut par ailleurs complétée par la bulle papale du 9 septembre 1585 qui excommuniait Henri de Navarre et le prince de Condé et les privait de leur droit à la succession au trône de France.
Dans ce contexte Henri de Navarre annonce la reprise des hostilités dans sa déclaration du 30 novembre 1585. Cette huitième guerre voit l’affirmation simultanée de ses talents militaires – puisque le 20 octobre 1587 il écrase l’armée royale de Joyeuse à Coutras – et de ceux du duc de Guise, qui remporte deux batailles contre des mercenaires associés aux huguenots (à Vimory le 26 octobre et à Auneau le 24 novembre). La popularité acquise par ce dernier auprès des catholiques zélés lui permet d’imposer ses volontés. Il est alors porté par la ferveur et la violence de la ligue parisienne qui, lors de la journée des Barricades le 12 mai 1588, oblige Henri III à fuir à Chartres. Le 15 juillet 1588, le roi signe un édit d’Union, promettant d’extirper l’hérésie du royaume. De nouveaux états généraux, réunis à Blois, obligent le roi à reconnaître l’édit d’Union comme loi fondamentale et irrévocable du royaume. Henri III est progressivement persuadé que seule une élimination physique des Guise lui permettrait de se libérer de leur emprise. Les 25 et 26 décembre 1588, Henri III ordonne aux Quarante-Cinq d’assassiner successivement le duc de Guise et son frère le cardinal de Lorraine. Cette exécution mène à une radicalisation de la Ligue parisienne qui culmine avec l’assassinat d’ Henri III par le moine Jacques Clément le 1er août 1589.
Lorsqu’Henri de Navarre accède au trône, il hérite d’un royaume déchiré dont la majorité des sujets se méfie ou rejette ce roi « hérétique ». Les pires excès ont lieu à Paris où les ligueurs reconnaissent le cardinal de Bourbon, comme roi « Charles X » et où, le 15 novembre 1591, ils pendent le premier président Brisson, le conseiller au parlement Claude Larcher et le conseiller au Châtelet Jean Tardif, assimilés à des Politiques. La réaction de la ligue nobiliaire, effrayée par ces extrémités, ne permet cependant pas à Henri IV de pacifier le royaume dans l’immédiat. Celui-ci, malgré son abjuration de 1593, son sacre en 1594 et l’absolution délivrée par le pape en 1595, doit s’atteler à la conquête et à la pacification du royaume qui ne débouchera qu’en 1598, avec la signature de l’ édit de Nantes.