Henri et sa mère ne s’attardent pas en Béarn car la guerre a déjà repris. C’est à La Rochelle, capitale du protestantisme d’alors, qu’ils se rendent en 1568. Henri, dans un discours peut-être apocryphe, s’impose à ses coreligionnaires comme un chef qui préfère agir que dire : « Je ne me suis tant étudié pour savoir bien parlé comme vous, mais je vous assure que, si je ne dis pas assez bien, je ferai mieux, car je sais beaucoup mieux faire que dire ». C’est là, aux côtés de son oncle Louis de Condé et de l’amiral de Coligny que le jeune Henri de Navarre fait son véritable apprentissage militaire, s’engageant physiquement dans les actions de la troisième guerre de Religion. Alors qu’il n’a que quinze ans, que les opérations militaires tournent au désastre pour les huguenots (défaites de Jarnac et de Moncontour, assassinat de Louis de Condé), Henri de Navarre est nommé chef des armées par sa mère et acclamé. Dans une folle embardée (octobre 1569-juin 1570), ses troupes accomplissent un périple à l’intérieur du croissant réformé pour échapper aux troupes royales. Au cours de ces mois, Henri partage la vie et la peur des soldats et se forge une expérience capitale pour la suite. Lorsqu’au printemps 1570, ses troupes campent à quelques lieues de Paris et que les négociations de paix débutent, Henri n’est plus un enfant mais un jeune homme de dix-sept ans déjà rompu aux exercices militaires.