Peu de temps après l’accord entre les deux reines, Jeanne d’Albret meurt le 9 juin 1572. Elle ne verra donc pas l’union de son fils avec une fille de France. Elle laisse Henri orphelin et privé de mentor politique, puisqu’elle l’a toujours guidé dans son parcours de premier prince du sang chef des huguenots.
Le mariage, prévu le 18 août 1572, ne soulève pas vraiment l’enthousiasme. Les protestants se méfient du roi et de son entourage, qui a si souvent changé de politique à leur égard depuis le début des années 1560. Les catholiques, menés par le clan des Guise, voient dans ce mariage une union contre nature insupportable. Les habitants de Paris, dans une atmosphère caniculaire, sont ulcérés par la présence trop voyante de ces huguenots que les prêcheurs catholiques leur ont appris à exécrer.
Pourtant, les cérémonies ont bien lieu le 18 août. Henri de Navarre et Marguerite échangent leur consentement sur le parvis de la cathédrale Notre-Dame, prenant le peuple qui se presse à témoin. Les nouveaux mariés pénètrent ensuite dans l’édifice et Henri de Navarre, après avoir conduit sa femme jusqu’au chœur, se retire à l’extérieur. Comme convenu, Henri ne reste pas et il attendra la fin des cérémonies à l’évêché.
Suivent trois jours de fêtes fastueuses où les repas pantagruéliques succèdent aux bals et aux représentations. Au cours de ces dernières, le roi et ses frères s’opposent symboliquement à Henri de Navarre, flanqué des autres chefs huguenots. Le scénario est invariable : les huguenots ont toujours le mauvais rôle, sont vaincus, avant d’être sauvés par la clémence du roi. Ces humiliations scénarisées ne font qu’exacerber des tensions accumulées depuis plusieurs jours.