Selon la loi salique, une des lois fondamentales du royaume, Henri de Navarre est bien l’héritier légitime du trône de France à la mort du duc d’Anjou (1584). En l’absence d’héritier mâle c’est à lui, aîné de la famille des Bourbons et descendant du dernier fils de Saint Louis qu’il reviendra de régner à la mort d’Henri III. Nul ne conteste d’ailleurs sa légitimité, mais beaucoup exècrent sa religion. Comment un huguenot, de surcroit excommunié par le pape en 1585, pourrait-il ceindre la couronne de France ?
Cette opposition se cristallise autour des Guise qui réactivent une association ultra catholique : la Ligue ou Sainte Union. En décembre 1584, à Joinville, ils signent un traité avec les représentants du roi d’Espagne, Philippe II, qui fournira des subsides et en mars 1585, ils publient le manifeste de Péronne. Ils ont enfin rallié Henri III, qui se met à la tête de la Ligue et signe le très restrictif traité de Nemours (7 juillet 1585). Les objectifs sont clairs : faire triompher le catholicisme et empêcher à tout prix Henri de Navarre, hérétique et relaps, de monter sur le trône. Une prise d’armes s’en suit : c’est la huitième guerre de Religion (« guerre des trois Henri »).
Face à l’adversité, Henri use de la stratégie de survie et fait preuve d’une grande détermination. Soutenu par l’étranger ( Elisabeth d’Angleterre, les princes allemands), il fait tout pour conserver des relations cordiales avec le roi de France, avec qui il échange une correspondance fournie. Sur un plan politique, son conseiller Duplessis-Mornay, rédige deux Proclamations en octobre 1585 qui montrent la finesse tactique du Béarnais : il n’entend pas renoncer au trône et appelle à la réunion d’un concile national pour régler le différend religieux.
Le contexte rend pourtant l’affrontement entre les deux Henri, de France et de Navarre, de plus en plus inévitable. Il a lieu le 20 octobre 1587, à Coutras, près de Libourne, pour ce qui est la première véritable bataille que le Béarnais s’apprête à livrer. Les troupes du roi, menées par le favori du roi, Anne de Joyeuse, sont en nombre à peu près égal avec celles de Navarre. Ce dernier a cependant l’avantage de connaître le terrain. Après avoir chanté les psaumes pour se donner le courage nécessaire, les huguenots chargent au petit matin. Les combats durent toute la matinée à l’issue de laquelle la victoire est pour Navarre. Joyeuse et son frère sont morts et, avec eux, près de 2000 royaux, contre une trentaine aux huguenots. Victoire écrasante, victoire éclatante pour Henri, mais victoire humble. Plutôt que de pousser son avantage, il se retire. Si la légende s’est emparée de ce fait d’armes pour construire l’image du roi victorieux, Henri semble sincèrement affecté par le sang versé. Dans une lettre célèbre rédigée immédiatement après sa victoire, il écrit à Henri III : « Je suis bien marri qu’en cette journée je ne puis faire la différence de bons et naturels Français d’avec les partisans et adhérents de la Ligue ».