Fonder une dynastie implique de se marier, ou plutôt de se remarier, puisque Henri IV est toujours le légitime époux de Marguerite de Valois, dont l’union avait précédé la Saint-Barthélemy. Même si cette dernière ne lui a donné aucun enfant et qu’Henri s’est définitivement séparé d’elle depuis 1585, il lui faut obtenir le divorce en bonne et due forme s’il veut convoler à nouveau.
Or Marguerite fait longtemps trainer l’affaire. Isolée depuis 1586 en son château auvergnat d’Usson où Henri III l’a mise en résidence surveillée, elle sait paradoxalement que l’annulation de son mariage pourrait lui valoir la liberté. Elle n’est cependant pas prête à laisser sa place à n’importe qui et surtout pas à cette « bagasse » de Gabrielle d’Estrées, dont Henri est tombé amoureux en 1590.
Il faut attendre la mort de Gabrielle en 1599 et surtout l’avancée des négociations de mariage avec la florentine Marie de Médicis pour que Marguerite consente à donner son accord. Dès lors les discussions s’engagent avec le pape pour obtenir l’annulation du mariage. Toutes sortes d’excuses sont invoquées, la plus déterminante étant qu’Henri et Marguerite auraient une parenté spirituelle puisque Henri II, père de Marguerite, était aussi le parrain (prétendument représenté par le cardinal de Bourbon au baptême) de son époux… Prétexte fallacieux, mais qui arrangeait tout le monde. Le 24 octobre 1599, la bulle papale annulant le mariage était signée par Clément VIII.