Depuis plusieurs mois déjà les négociations vont bon train entre l’entourage du roi et Ferdinand Ier de Médicis, Grand Duc de Toscane et oncle de Marie. Si Marie était dotée d’un certain embonpoint – on dit qu’Henri et Gabrielle s’étaient beaucoup moqués de son portrait – elle n’en demeure pas moins un meilleur parti pour le roi que Gabrielle. Fille d’une Habsbourg, elle appartient à une famille qui a déjà donné une reine à la France en la personne de Catherine de Médicis. En outre, les créances d’Henri IV auprès de sa famille sont faramineuses (on parle de plus d’un million d’écus !). Les négociations tournent vite autour d’une question de gros sous. Finalement, un accord est trouvé : la dot de Marie sera de 600 000 écus, dont 350 000 seront versés au comptant.
Les cérémonies de mariage se déroulent en deux temps. Le 5 octobre 1600 Henri IV épouse Marie de Médicis par personne interposée. C’est le Grand Duc en personne qui représente le roi au dôme de Florence et qui participe aux cérémonies fastueuses dont Rubens – qui était présent - a laissé le souvenir. Bientôt, il faut à Marie de Médicis quitter sa Toscane natale pour rejoindre son époux en France. La suite, composée de 2000 personnes réparties sur 18 navires, accoste à Marseille le 3 novembre 1600. Première déception pour la nouvelle reine de France : son mari ne l’attend pas sur les quais. Officiellement, Henri est retenu par les affaires de Savoie. En réalité, sa tête est toute à sa nouvelle maîtresse, Henriette d’Entragues.
Qu’à cela ne tienne : Marie et sa somptueuse suite remontent la vallée du Rhône, car un nouveau rendez-vous a été fixé à Lyon. Là, le dimanche 3 décembre 1600, la nouvelle reine fait une entrée triomphale, chaleureusement accueillie par la foule venue en masse. Elle doit encore attendre six jours pour voir son mari, qui demande d’emblée à partager sa couche. Enfin, le 17 décembre 1600, les deux époux reçoivent la bénédiction du légat du pape en la cathédrale Saint-Jean.