L’édit de Nantes est parfois appelé « édit de tolérance ». Or rien dans cet édit, ou dans ses prédécesseurs, ne fait référence à la notion de tolérance telle que nous l’entendons aujourd’hui. Ni le terme, ni même le sens que nous lui prêtons n’apparaissent dans ce texte. L’attitude qui consiste à admettre chez autrui une manière de penser ou d’agir différente de celle que l’on adopte soi même, cette indifférence à la différence, est inconnue au XVIe siècle. Il n’est pas question alors d’accepter l’altérité mais de « souffrir », d’endurer la présence du huguenot sans pouvoir faire autrement. À ce propos, le rappel récurrent de la volonté du roi de réunir tous ses sujets dans une seule et même Église est symptomatique. Dans l’esprit du législateur, il ne fait aucun doute que ces mesures sont temporaires, en attendant qu’un jour les circonstances permettent l’union au sein de l’Église catholique.
Pourtant en « tolérant », même temporairement, le culte protestant, le roi reconnaît et institutionnalise l’altérité. En acceptant une complète liberté de conscience et en conférant des droits civils et cultuels à une minorité de sujets protestants (sans doute un sujet sur vingt à la fin du XVIe siècle), l’édit de Nantes est un « jalon lumineux » (Janine Garrisson) sur la route de la liberté individuelle, de la liberté et des droits de l’Homme.
Il est aussi par bien des aspects une étape fondamentale dans la sécularisation de l’État. Aucune référence dogmatique n’est décelable dans l’édit de Nantes. La dimension religieuse du différend est volontairement occultée et pour la première fois, on dissocie le politique du religieux. On cherche désormais à politiser et à « déconfessionnaliser » la discussion et son règlement. On ne statue pas sur le fond mais on cherche à organiser la forme, à savoir la coexistence pacifique. Pour les sujets des deux confessions, c’est une petite révolution. Cela induit la naissance d’une double fidélité, à la fois politique et religieuse, car ces édits tendent à différencier « le citoyen, le sujet politique obéissant à la loi, et le croyant libre de ses choix religieux privés ». On ne peut cependant pas parler sans anachronisme de laïcité, car le monarque reste étroitement lié à l’Église catholique et ne reconnaît pas l’athéisme.
L’édit de Nantes reste donc à bien des égards un texte d’une étonnante modernité, tranchant un peu dans l’Europe de cette fin de XVIe siècle où la coexistence institutionnalisée de deux religions était une exception.